In een massaspectrometer worden individuele moleculen van het monster in de gasfase geïoniseerd. Daarna worden de gevormde ionen versneld in een zeer precies geregeld elektrisch veld. De ionen worden vervolgens gescheiden op basis van hun massa/ladings-verhouding (m/z) waarna de detectie volgt. In een massaspectrum wordt de intensiteit van iedere m/z weergegeven.

Een compleet andere analysetechniek, FT-MS (Fourier Transform - massaspectrometrie) gebruikt een magnetisch veld waarin de ionen worden opgesloten. Een radio-puls brengt ze in resonantie. Dit resulteert in een resonantie-signaal dat in de tijd wordt gemeten. Door een Fourier-transformatie van het gemeten signaal wordt direct een heel massaspectrum geproduceerd. Deze techniek kan een heel hoge resolutie bereiken en heeft een bijzonder hoge efficiëntie.